Az Európai Unió költségvetésében párhuzamosan két jelentős cél is hangsúlyosan megjelenik: az innováció ösztönzése és a regionális egyenlőtlenségek csökkentése. Bár a Horizont Európa és a Kohéziós Politika külön logika mentén működik, a döntéshozók évek óta próbálják összekapcsolni a két forrásrendszert, hogy azok hatékonyabban támogassák egymást.