Légzőszervi megbetegedésén túl más egészségi kihívásokkal is küzdött a szentatya. Ferenc pápa nyíltan beszélt egészségi állapotáról, már 2014-ben úgy vélte, csak pár éve van hátra. 2025. április 21-én, húsvéthétfőn halt meg. Előtte pár órával még szólt a híveihez.