Nem sokkal azután, hogy Sólyom László köztársasági elnök kinevezte az Evangélikus Hittudományi Egyetem rektorává Szabó Lajost, derült ki, hogy Szabó ügynökként tevékenykedett a nyolcvanas években. Az egyháza megkeresére Szabó Lajos közleményben ismerte ezt el, és bocsánatot kért mindenkitől, akiket megbánthatott.