Az egyházi kórházakat az államinál is rosszabbul érintette az egészségügy áprilisi átalakítása. Ezek az intézmények ugyanis a fejlesztésre vagy az amortizáció kompenzálására nem kapnak állami támogatást. Forráshoz egyedül az ellátott betegek után járó egészségbiztosítási támogatásból jutnak, de mivel az országos átlagot jelentősen meghaladva kellett csökkenteniük aktív ágyaikat, bevételeik jelentősen csökkentek.