A probiotikumok bizonyítottan hasznosak az olyan antibiotikumhasználat okozta mellékhatások megelőzésére és kezelésére, mint a hasmenés vagy hüvelyi fertőzések. Az antibiotikum okozta panaszok mérséklésére bizonyos szabályok figyelembe vételével már az antibiotikumhasználat alatt érdemes elkezdeni a probiotikumkúrát.