A hüvelyi mikrobiom a hüvelyben jelen lévő baktériumok, gombák, vírusok, egysejtűek tömegét jelenti. Az élettani egyensúlyt a hüvelyi tejsavbaktériumok (Lactobacillusok) tartják fent oly módon, hogy a hüvelyhámban raktározott cukrot tejsavvá alakítva a hüvely kémhatását enyhén savas értéken tartják.